Un cambio que permita a un organismo funcionar eficientemente se llama adaptación. El cambio adaptativo significa una ventaja para vivir en un hábitat concreto, en una época determinada, y compartiendo el ecosistema con otras especies. Estos cambios pueden producirse a cualquier nivel, desde el molecular hasta el de organización social, desde la capacidad sensorial hasta las asociaciones simbióticas de especies que evolucionan juntas.
El motor del proceso de adaptación es la selección natural. Dado que las maneras en que se puede mejorar el éxito evolutivo son casi ilimitadas, los cambios adaptativos se producen en todos los niveles de la compleja jerarquía de componentes y procesos vitales. Sin embargo, la base molecular de todos estos cambios es siempre la misma: las mutaciones genéticas son alteraciones de la secuencia de nucleótidos del ADN. Dichas secuencias alteradas codifican moléculas de proteínas ligeramente diferentes de las originales, y todo lo demás es consecuencia de esta alteración de las proteínas.
Esto es aplicable a cualquier cambio adaptativo, ya se trate de un mayor desarrollo del sistema radicular para absorber agua de la capa más profunda de la freática (que puede resultarle ventajoso a un algarrobo en el Espinal) o de las inflorescencias pequeñas y poco vistosas de las gramíneas puesto que el principal agente polenizador es el viento, o del color de las alas de algunas mariposas, que les permite mimetizarse con las ramas o el follaje. La gama de posibilidades es inmensa, porque la alteración de las proteínas codificadas en los genes puede afectar a casi todos los aspectos de un ser vivo.
La estructura, la fisiología, la bioquímica y el desarrollo dependen de las proteínas: con ellas se construyen los componentes celulares; prácticamente todas las estructuras vivas están formadas por proteínas; también son proteínas las enzimas que catalizan todas las reacciones del metabolismo celular; otras actúan como mecanismo de control de los genes durante la diferenciación celular y el desarrollo de un individuo a partir de un óvulo fecundado. La presencia de una proteína producida por un gen influye en la actividad de éste u otros genes, permitiendo la interacción entre ellos.
La construcción de los seres vivos se rige siempre por las mismas reglas, sin que importe forma ni tamaño. Los genes dirigen la formación de todas las estructuras; por lo cual , estando sometidas a las presiones selectivas de la evolución, pueden alterarse para mejorar sus posibilidades de supervivencia, mediante los procesos de adaptación.
La estructura de un organismo, ya se trate de un animal, una planta o un microbio, es la culminación de su historia evolutiva, un largo proceso de especiación y adaptación.
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